CTI論壇（ctiforum）8月21日消息（記者 李文杰）: 日前，國家食藥總局批準了兩款基因測序儀及檢測試劑盒，這是自政府出臺“二月禁令”后，首次批準基因測序技術(shù)可以進(jìn)行臨床應用，政府政策的松綁引發(fā)了大批資本對該市場(chǎng)的覬覦。據統計，2013年中國對于測序儀及試劑的投入總額超過(guò)20億元，中國龐大的市場(chǎng)蛋糕早已引發(fā)基因測序廠(chǎng)商的高度重視。
近日，浪潮為國產(chǎn)基因測序儀廠(chǎng)商中科紫鑫設計構建了高性能計算集群，用于提供面向全國的基因測序分析云服務(wù)。據悉該集群將可承擔20到40臺新一代國產(chǎn)自主基因測序儀在全國范圍試運行期間的所有測序分析服務(wù)。
人類(lèi)基因是一種非常重要的戰略性資源，不能單從資本利益來(lái)衡量其價(jià)值。從20世紀90年代“人類(lèi)基因組工程”計劃啟動(dòng)之日起，美國、日本和歐洲等國家已經(jīng)意識到人類(lèi)基因的戰略地位并搶先紛紛注冊基因專(zhuān)利，所以誰(shuí)擁有最多的人類(lèi)基因誰(shuí)就能在未來(lái)基因診斷、基因醫療技術(shù)方面擁有絕對話(huà)語(yǔ)權。而對于13億人口大國的中國來(lái)說(shuō)，擁有自主研發(fā)基因測序儀技術(shù)和產(chǎn)品將成為未來(lái)中國基因產(chǎn)業(yè)發(fā)展的必由之路。
中科紫鑫是紫鑫藥業(yè)和中科院北京基因組研究所在技術(shù)研發(fā)合作框架下成立的獨立公司，致力于研制開(kāi)發(fā)我國自主基因測序技術(shù)，其研發(fā)的國產(chǎn)新一代基因測序儀是國內目前唯一一個(gè)技術(shù)性能可以匹敵國際市場(chǎng)主流產(chǎn)品的國產(chǎn)基因測序系統，其測序長(cháng)度（讀長(cháng)）達到500-1000bp,為目前二代測序儀中最高水平。
基因測序技術(shù)應用需要對海量、復雜、多變的數據進(jìn)行分析計算，因此需要高性能計算機來(lái)進(jìn)行基因數據的統計和分析。每個(gè)人有23對染色體，這些染色體中包含的DNA由ATCG不同堿基序列構成，數量共計達30億。對人進(jìn)行全基因組測序產(chǎn)生的海量數據，必須通過(guò)高性能計算機來(lái)進(jìn)行處理分析才能得到對個(gè)體醫療診斷分析有益的結果。
據專(zhuān)業(yè)人士介紹，基因測序分析對高性能計算機的計算性能、內存容量、數據帶寬等要求很高，同時(shí)還必須支持完善的基因測序分析工作流。浪潮為中科紫鑫設計構建的高性能計算集群是專(zhuān)門(mén)針對基因測序應用定制設計的專(zhuān)用機。專(zhuān)用機采用了刀片服務(wù)器、胖節點(diǎn)作為計算平臺，并行存儲系統用于提升數據帶寬，采用萬(wàn)兆網(wǎng)絡(luò )提升通訊效率，并充分考慮了應用特點(diǎn)定制開(kāi)發(fā)了基因測序工作流軟件。
浪潮近年來(lái)一直在生命科學(xué)領(lǐng)域高性能計算進(jìn)行持續的技術(shù)和應用投入，目前在國內外擁有眾多的生命科學(xué)典型案例。浪潮聯(lián)手中央電視臺拍攝了《走進(jìn)科學(xué)》超算系列片，對高性能計算在基因方面的應用進(jìn)行了全面介紹。除高性能計算硬件系統設計供應能力外，浪潮還擁有一支專(zhuān)業(yè)的應用專(zhuān)家團隊，在對生命科學(xué)應用支持以及對GPU、MIC等新型架構移植優(yōu)化取得了顯著(zhù)效果。浪潮與中科院聯(lián)合研發(fā)的基于MIC平臺的生命科學(xué)應用軟件ATOM，在全球超算大會(huì )SC上作為世界5個(gè)MIC成果之一進(jìn)行了展示。
